《自然哲学的数学原理》（下简称为《原理》）可能是从古至今最伟大的科学巨著，它是第一次科学革命的集大成之作，在物理学、数学、天文学和哲学等领域均产生了巨大影响，而这部巨作“迟到”了20年之久。
1684年哈雷专程到剑桥拜访牛顿，有一天问牛顿觉得行星在太阳吸引下的运行轨迹是怎样的，牛顿不假思索的回答是椭圆形。哈雷惊讶之余赶忙追问牛顿是如何知道的，牛顿回答：“我计算出来的呀！” 3个月后，哈雷收到了名为《绕转物体的研究》的论文稿，两年多后，该文发展成完整的《原理》初稿。
爱德蒙·哈雷，天文学家、地理学家、数学家、气象学家和物理学家，曾计算出哈雷彗星的公转轨道，并预测该天体将再度回归。他也是第二任英国皇家天文学家。
很多人都知道，牛顿有一位夙敌——胡克。胡克曾声称自己早于牛顿制作了反射式望远镜，后又频繁与牛顿对着干。在《原理》的编著期间，胡克抓住了牛顿关于物体下落运动轨道计算的失误并大作文章，牛顿很头疼也很气愤，但冷静地回应了胡克，承认了自己的错误。然而胡克并未就此收手，连写四封信羞辱牛顿，在其中一封信中胡克附上了自己的算法，很显然，胡克的推算过程是错误的，但无意间指出了物体下落的正确轨迹。最终牛顿在《原理》一书中给出了正确无误的算法。若干年后，牛顿在给哈雷的信中承认：“胡克纠正我的螺旋路径，引发我重新探究椭圆形轨道，才能使我重新发现这个理论。”
在哈雷的支持推进下，牛顿着手《原理》的编著。牛顿是一个做事严谨的人，他对自己的研究是如此专注和认真，以致于废寝忘食，经常将自己关在实验室里，有时长达6周之久。1687年《原理》出版，由三册独立而又互有关联的单元组合而成。该书不仅整合了伽利略和开普勒的理论，成为单一的、内聚的、用数学表达、用实验支持的整套理论，同时打开了工业革命的大门，将人类从黑暗、从对大自然的奇想中，拉进科学时代，拉向操纵宇宙之力的时代。
牛顿自己的《
自然哲学的数学原理
》副本，并带有为第二版所作的修正。
在很多人眼中，牛顿是一个极力追求长生不老的秘诀和点金之术的炼金术士。但对牛顿而言，
《原理》即是传说中的长生不老药，是令人寻寻觅觅的点金石。其拥有的全心奉献、无可比拟的意志力、卓越的技术能力是那么的难能可贵，这些精神是我们人生探索路上的点金石。
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